L’Istituto nasce da un episodio accaduto nella vita della Fondatrice Santa Madre Francesca di Gesù, al secolo Anna Maria, in cui soccorre un manovale dodicenne colpito alla testa da una pietra caduta dalle impalcature di una costruzione, destinata ad ospitare un Istituto di nuova fondazione. Correva l’ anno 1883. Anna Maria prega, lotta, si confronta e alla fine accetta di fondare, a 40 anni, un nuovo Istituto religioso. Anna Maria è una donna concreta, sensibile a quelle che in seguito ella chiamerà le ‘necessità presenti’, disposta a soccorrere il prossimo, educata a percepire i giovani, i malati e i lontani come perno dell’azione pastorale. Il carisma dell’ Istituto Suore Cappuccine di Madre Rubatto avrà questo significato.

La celebrazione liturgica del 23 gennaio 1885 segna l’inizio dell’ Istituto delle Suore Terziarie Cappuccine di Loano. Con la vestizione Anna Maria assume il nome di Maria Francesca di Gesù.
La Fondatrice, però, non vuole limitare la sua missione alla sola cittadina di Loano, ma desidera una congregazione che abbracci tutti i rami della carità e che si estenda a tutto il mondo. 

L’Istituto è inserito nella famiglia francescana e aggregato all’ Ordine dei frati Minori Cappuccini dal 1909, ed è approvato definitivamente dalla Sede Apostolica il 27 maggio 1916.